Целями Союзного государства в соответствии с Договором о создании Союзного государства от 8 декабря 1999 года являются:  

обеспечение мирного и демократического развития братских народов государств-участников, укрепление дружбы, повышение благосостояния и уровня жизни;  

создание единого экономического и таможенного пространства;  

обеспечение социально-экономического развития на основе объединения материального и интеллектуального потенциалов государств-участников;  

проведение согласованной внешней политики и политики в области обороны;  

формирование единой правовой системы;  

проведение согласованной социальной политики;  

обеспечение безопасности и борьба с преступностью.  

Достижение целей Союзного государства осуществляется поэтапно с учетом приоритета решения экономических и социальных задач.  

К ним относятся, вытекающие из Договора задачи по обеспечению равных прав субъектам хозяйствования и граждан государств-участников, формированию единого экономического и таможенного пространства, на котором применяются единые ставки таможенных пошлин, единые таможенные режимы, единый порядок таможенного оформления и контроля, унифицируется законодательство о государственном регулировании внешнеторговой деятельности и о защите экономических интересов государств-участников и т.д.  

Решение этих задач в целом обеспечивает свободный взаимный доступ на рынки государств-участников Договора, беспрепятственное движение товаров, услуг, капиталов, что способствует развитию различных форм кооперации, увеличению взаимного товарооборота, росту социально-экономических показателей развития государств-участников.  

В соответствии с Договором о создании Союзного государства сформированы и функционируют Высший Государственный Совет, Совет Министров и Постоянный Комитет Союзного государства. Функции Парламента Союзного государства выполняет Парламентское Собрание Союза Беларуси и России.  

В рамках Союзного государства образованы и работают Пограничный и Таможенный комитеты, Комитет Союзного государства по гидрометеорологии и мониторингу загрязнения природной среды, Телерадиовещательная организация Союзного государства, Координационная комиссия по формированию и обеспечению функционирования объединенной транспортной системы Союзного государства. Эти органы состоят из представителей республиканских и федеральных органов государственного управления Беларуси и России и периодически собираются на свои заседания, где рассматриваются и решаются вопросы союзного строительства в соответствующих сферах.  

Высшим органом Союзного государства является Высший Государственный Совет, состоящий из глав государств, глав правительств и руководителей палат парламентов государств-участников. В его заседаниях также участвуют Председатель Совета Министров и Председатель Парламентского Собрания Союза Беларуси и России.  

В компетенцию Высшего Государственного Совета входят важнейшие вопросы развития Союзного государства. Он образует органы Союзного государства, утверждает бюджет и отчеты о его исполнении, заслушивает ежегодный отчет Председателя Совета Министров о реализации принятых решений, а также выполняет другие функции.  

Решения Высшего Государственного Совета принимаются на основе единогласия государств-участников.  

Председателем Высшего Государственного Совета является один из глав государств-участников на основе ротации, если они не договорились об ином. В настоящее время им является Президент Республики Беларусь А.Г. Лукашенко.  

Председателем Совета Министров Союзного государства является глава правительства одного из государств–участников. Он назначается Высшим Государственным Советом Союзного государства на ротационной основе.  

С июня 2012 года Председателем Совета Министров Союзного государства является Председатель Правительства Российской Федерации Д.А. Медведев.  

С 2000 по 2013 год состоялось 17 заседаний Высшего Государственного Совета Союзного государства, на которых рассмотрено 189 вопросов, и 42 заседаний Совета Министров Союзного государства, на которых рассмотрено 858 вопросов союзного строительства.  

Совет Министров формирует Постоянный Комитет Союзного государства, являющийся рабочим органом Высшего Государственного Совета Союзного государства и Совета Министров Союзного государства.  

С декабря 2011 года руководит работой Постоянного Комитета Государственный секретарь Союзного государства Г.А. Рапота.